L'organisation de Junior Entreprise Genève est centrée autour de sa direction, qui est composée de trois membres (président, vice-président et administrateur) élus chaque année par l'Assemblée Générale des membres. Ils sont responsables de l'ensemble des activités de la JEG et représentent l'association envers les clients et les tiers. Ils ont également pour rôle de superviser les mandats et de définir la stratégie de la JEG.

Ratachés à la direction, les départements assurent le fonctionnement interne de notre association tout en apportant leur aide et leurs compétences respectives lors des mandats. Chaque département est géré par un responsable, qui peut être membre de la direction.